长期使用漱口水一般没有比较明显的坏处，但是需要选择质量合格的漱口水，避免对口腔黏膜造成损伤。

在平时刷过牙或者吃过饭之后，使用漱口水能够起到清洁口腔的作用，并且还可以抑制口腔部位的细菌滋生，也有利于清新口气，虽然漱口水的好处比较多，但是也不要过度频繁的使用。

患者通常可以一天使用漱口水2到3次， 但不可以长期使用。 患者使用漱口水两到三个星期左右后可停掉，因长期使用漱口水会导致口腔菌群失调，引起口腔疾病，最主要有念珠菌感染和真菌感染。建议患者使用漱口水的时间控制在2到3周内，如果想继续使用，可停两个星期左右再次使用。

漱口水最常用的是含氟漱口液和含甲硝唑类的漱口液。使用含氟漱口液是局部用氟防龋的方法之一。适用于龋高发的人群，或者是正畸矫治器患者预防龋齿，以及不能自我口腔护理的残疾人，能够预防儿童的龋病。含甲硝唑类的漱口液多用于牙齿龋坏引发的根尖脓包含漱，或者是拔牙术后的护理。能够起到消炎的作用，避免引起术后感染。