绝大多数的海胆都是有毒的，不过不同品种海胆的毒性也是不同的，它们分泌的毒素会作用于不同的器官。有些毒素作用于呼吸系统，可以导致出现呼吸困难甚至衰竭的现象；还有的毒素有麻痹的作用，会导致肌肉麻痹现象；还有的毒素则可以作用于人体的红细胞，会将红细胞溶解掉；还有的可以直接作用于人类的心脏，导致心脏停止跳动等等。

因为海胆不易储存，海胆死后会迅速被自身的生物酶分解化掉，因此最好是刚开出来就吃掉。

为了节省运输成本，一般将海胆黄取出，用盐水或明矾定型，冰鲜保存。专业的水产商，还会用木盒来装海胆黄，比塑料盒更隔热保温。

海胆通常的吃法，就是生吃。将海胆剖开外壳，挑取新鲜海胆黄直接入口尝吃，或者是吃的时候搭配适当的作料，让芥末和酱油的调味汁充分浸透到海胆四面后，小心翼翼放入口中，其味鲜美至极。

每100克海胆的热量为120大卡左右。海胆以其生殖腺供食，生殖腺又称海胆卵、海胆籽、海胆黄、海胆膏，色呈橙黄，味鲜香，海胆卵的主要营养成分包括卵磷脂、蛋白质、核黄素、硫胺素、脂肪酸、二十碳烯酸等，营养价值高。