因为豆芽是属于沙门氏菌和大肠杆菌携带者，如果直接生吃可能会有比较严重的疾病产生。而且大豆类的物质中含有的抗凝血素、胰蛋白酶等也不利于人体吸收。所以在吃黄豆芽的时候最好要炒熟了食用，这样能更好的让人体吸收丰富的蛋白质和油脂。

如果发现豆芽有变黑的现象(称为“烂根”)，那就不能再作食用了，特别是豆芽上有发粘现象的，千万不要吃，那是黄曲霉素，有极强的致癌作用，毒性很大。一些黑心商家会使用一些化学药剂，令黄豆芽发得又多又好看。

往往这类毒豆芽是很难变绿的。因此，如果黄豆芽长时间放在阳光下，居然不变绿的话，就要警惕了，这些很可能是含有化学药剂的“毒豆芽”。

产后第一周最好不要吃黄豆芽，由于产妇刚刚分娩完，身体非常需要，气血也亏虚得厉害，需要吃些温热的食物来调养身体，而黄豆芽性寒，产妇吃了之后容易使脾胃受到损伤，进而会造成消化不良、腹泻等症状。